السيد الخوئي واجه خلال مرجعيته فترة " الانتكاسة " في مدرسة النجف ، ولكنه أراد الحفاظ على المدرسة على الرغم من الضغوط السياسية والأوضاع القاسية التي تعرضت لها النجف بعد عام 1970 م ، وازدادت سوءا في مدة الحرب العراقية الإيرانية ( 1980 - 1988 م ) ، وأحداث النجف عام 1991 م ، فقد وقف الإمام السيد الخوئي بصمود وقوة إزاء هذه الأحداث وان كانت جميعها ليست لصالح النجف والحوزة العلمية ، ولكنه أراد رحمه اللّه تعالى أن تكون مدرسة النجف منبر أشعاع ديني وفكري ، وتبقى مركز المرجعية العليا للعالم الإسلامي ، وسوف نشير إلى أثر هذه الأوضاع في المدرسة النجفية عند الحديث عن النجف في الفصل المخصص " النجف من دور القمة إلى الانتكاسة " ، وموقع الإمام السيد الخوئي منها . كتب الإمام السيد الموسوي الخوئي كتبا في التفسير والحديث والفقه والأصول وعلم الكلام وغيرها الكتب الآتية « 1 » : 1 - أجود التقريرات ، في جزءين . 2 - إزالة المحادة عن ملك المنافع المتضادة ، ألفه عام 1351 ه . 3 - إضاءة القلوب بتحقيق المغرب والغروب ، ألفه عام 1353 ه . 4 - إنارة العقول في انتصاف المهر بموت أحد الزوجين قبل الدخول . 5 - الأمر بين الأمرين في الأصول .

--> ( 1 ) الخوئي : معجم رجال الحديث 22 / 24 - 26 ، الطهراني : الذريعة 1 / 278 ، 530 ، 2 / 213 ، 354 ، 4 / 437 ، 11 / 115 ، 17 / 13 ، 18 / 293 ، الفضلي : دليل النجف الأشرف ص 53 ، الأميني : معجم رجال الفكر ص 170 ، معجم المطبوعات النجفية ص 371 ، كوركيس عواد : معجم المؤلفين العراقيين 1 / 64 ، قزانجي : النتاج الفكري العراقي لعام 1977 م ص 25 ، ص 28 ، ص 31 ، العزاوي : معجم شعراء الشيعة 1 / 218 - 220 ، الفتلاوي : مشاهير المدفونين في الصحن العلوي الشريف ص 31 .